Épidémiologie et évolution des maladies infectieuses dans des populations structurées en âge (EMIPSA)
Dispositif doctoral NEXUS

English version: please refer to the relevant pdfs below, which contain all the necessary information.

Qu’est-ce que le dispositif ExposUM Doctoral Nexus?

Les Doctoral Nexus proposés par l’Institut ExposUM sont des réseaux de 3 à 4 doctorantes et doctorants, issus de disciplines différentes et affiliés à au minimum deux unités de recherche différentes.

Par rapport à une thèse classique, participer à un Doctoral Nexus favorisera la capacité à travailler en équipe et à concevoir des projets de manière transdisciplinaire tout en approfondissant son propre champ d’expertise.

Un programme pédagogique spécifique sera proposé et les doctorant(e)s concerné(e)s auront également l’opportunité d’organiser un séminaire au sein du réseau Nexus.

Les thèses sont financées d’emblée pour 4 années, comprenant le salaire du doctorant ou de la doctorante ainsi qu’une enveloppe d’environnement.

Présentation du Projet EMIPSA

Les dynamiques épidémique et évolutive des maladies infectieuses sont influencées par de nombreux facteurs environnementaux, écologiques et sociaux. Pour comprendre et anticiper les conséquences d’une épidémie sur la santé publique, ainsi que l’évolution du pathogène qui la cause, il est nécessaire de modéliser finement l’environnement du pathogène, qui est notamment caractérisé par la structure, à différents niveaux, de la population d’hôtes. Dans ce projet, nous proposons d’étudier comment cette structure, et plus particulièrement les structures en âge, affecte la dynamique épidémiologique des pathogènes et les pressions de sélection qui conduisent au remplacement d’un variant par un autre. Nous nous intéresserons d’une part à la structure en âge de la population d’hôtes proprement dite (avec des individus plus ou moins âgés et donc plus ou moins vulnérables à l’infection), et d’autre part, à la structure en âge d’infection, qui caractérise le fait que le temps depuis le moment de l’infection affecte la dynamique intra-hôte et la transmission inter-hôte. Une motivation de ce projet tient dans la réalisation, pendant la pandémie de COVID-19, qu’il était essentiel de prendre en compte ces structures en âge, aussi bien pour des problématiques de santé publique (anticipation du pic d’hospitalisation, rappels vaccinaux) que des questions d’évolution virale (dynamique de variants) ou de physiopathologie (cinétique intra-hôte).

Le projet EMIPSA regroupe un consortium de biologistes, mathématiciens, statisticiens et cliniciens qui proposent d’utiliser des modèles structurés en âge pour analyser la dynamique épidémiologique (la variation du nombre de cas au cours du temps) et évolutive (le changement de fréquence des différentes variants) des pathogènes. Nous proposons un projet Nexus articulant 4 sujets de thèse individuels, portant (1) sur l’évolution des stratégies d’histoire de vie des pathogènes, en particulier les virus respiratoires, dans des populations structurées par l’âge d’infection et le statut vaccinal [écologie évolutive] (2) sur la justification rigoureuse des modèles mathématiques utilisés en épidémiologie évolutive, lorsque la population est structurée [mathématiques et modélisation], (3) sur la modélisation de la dynamique évolutive intra-hôte du paludisme en prenant en compte la structure en âge de la population de globules rouges [mathématiques et modélisation], et (4) sur l’anticipation de l’impact des épidémies sur le système de soins critiques en France, en prenant notamment en compte la dynamique de distribution des facteurs de risques, au premier rang desquels l’âge [biologie-santé].

4 sujets de thèse

Sujet 1 : Évolution des stratégies d’histoire de vie des pathogènes : âge d’infection, hétérogénéité et plasticité

(dir: Sébastien Lion, Sylvain Gandon, Ophélie Ronce)

Résumé du sujet de thèse 1

Summary of PhD project 1

Sujet 2 : Dynamique évolutive des populations structurées dans un régime de mutations faibles : application à l'épidémiologie

(dir: Sepideh Mirrahimi, Jean-Michel Roquejoffre, Sébastien Lion)

Résumé du sujet de thèse 2

Sujet 3 : Dynamique épidémiologique et évolutive intra-hôte du paludisme

(dir : Ramsès Djidjou-Demasse, Sylvain Gandon, Quentin Richard)

Résumé du sujet de thèse 3

Summary of PhD project 3

Sujet 4 : Préparation du système de soins critiques aux futures crises sanitaires

(dir : Mircea Sofonea, Jean-Yves Lefrant, Rémi Choquet)

Résumé du sujet de thèse 4

Summary of PhD project 4